Under Ninja อันเดอร์ นินจา ซับไทย เรื่องราว ผู้โดดเดี่ยวในโรงเรียนมัธยมปลายได้รับงานพาร์ทไทม์ตลอดชีวิตโดยเป็นนินจายุคใหม่ที่ได้รับมอบหมายให้ทำการลอบสังหารนานาชาติ หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 กองบัญชาการพันธมิตรในญี่ปุ่นได้พัฒนาหน่วยงานใหม่เพื่อช่วยจัดการการก่อการร้ายและความรุนแรงภายในภูมิภาคแปซิฟิก หน่วยงานนี้มีเจ้าหน้าที่เป็นนินจา และในตอนแรกพวกเขาได้รับมอบหมายให้ดูแลกิจการบ้านเมือง ในที่สุดโครงการดังกล่าวก็ขยายไปสู่รูปแบบปัจจุบัน โดยจัดการนินจา 20,000 ตัวในกิจการภายในประเทศและต่างประเทศ หนึ่งในนินจาเหล่านั้นคือคุโดะ ผู้แพ้โรงเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปีรายนี้กำลังเตรียมพร้อมที่จะเป็นแนวหน้าในการป้องกันตัวจากมือสังหารจากต่างประเทศที่บุกโจมตีโตเกียว